Py4chemoinformatics

chemoinformatics

• 化学信息学

RDKit

• link: http://www.rdkit.org/
• github: https://github.com/rdkit/rdkit

• definition:

  • RDKit is a collection of cheminformatics and machine-learning software written in C++ and Python.

OpenBable

• link: http://openbabel.org/wiki/Main_Page

• definition:

  • Open Babel is a chemical toolbox designed to speak the many languages of chemical data. It's an open, collaborative project allowing anyone to search, convert, analyze, or store data from molecular modeling, chemistry, solid-state materials, biochemistry, or related areas.

SKlearn

• 即 SciKit-learn

• 说明：

  • Scikit-learn(sklearn)是机器学习中常用的第三方模块， 对常用的机器学习方法进行了封装，包括回归(Regression)、 降维(Dimensionality Reduction)、分类(Classfication)、 聚类(Clustering)等方法。
  • 机器学习相关

• 教程

  • link： https://blog.csdn.net/xiaoyi_eric/article/details/79952325

  • 作者提供资源

    • https://github.com/Mishima-syk/sklearn-tutorial

      • in jupyter notebook format
      • 日语

机器学习

• Machine Learning

SMILES

• Simplified molecular-input line-entry system

  • 简化分子输入规范
  • simplified molecular input line entry specifications

• link: https://en.wikipedia.org/wiki/Simplified_molecular-input_line-entry_system

  • wikipedia page

• link： https://baike.baidu.com/item/SMILES/6655640?fr=aladdin

  • 百度百科

• definition:

  • is a specification in form of a line notation for describing the structure of chemical species using short ASCII strings.

  • 一种用 ASCII 字符串， 写出来的， 用来描述， 分子结构的， 文字表达方式

    • 就是 用字符串表示分子结构式的一种方式
• 教程： http://www.daylight.com/meetings/summerschool98/course/dave/smiles-intro.html#TOC

MMPA

• MMP

  • Matched Molecular Pair , analysis

• 可视化

  • Cytoscape

    • 一种广泛用于各种场景的开源网络可视化软件

    • 安装使用

      • 安装很简单，从下载站点下载相应的 OS 安装程序仅安装。 安装完成后，启动 Cytoscape 并“安装 Chemviz2 插件”以绘制复合结构 我会的程序很简单。从 Apps-> App Manager 中选择 chemviz2 并安装它。

    • 本书中用途

      • 使用 Cytoscape 可视化 MMP 网络

  • mmpdb

    • 另一种 可视化软件
    • 命令行运行

  • Chemical Space

    • 化学空间

      • 化学空间是指化合物在一定比例的 n 维空间中的排列。

数据库列表

• ChEBIL