教程

daylight tutorial

Daylight>SMILES Tutorial

Atoms 原子

[]

eg: [Li] 表示单个原子

在不是单个原子时

注意： "[]"方括号内要具体写出有多少个 H, 不能省略

普通 organic subset，达到氢饱和，可以只写原子符号（同时这也是其最低化合价）

eg: CH4 –> C; H2O –> O; B(3), C(4), N(3,5), O(2), P(3,5), S(2,4,6), F(1), Cl(1), Br(1), I(1)

"*" 表示未知原子

不知道是什么，也许是 R 原子团，R基团 eg: *-F –> *F; R-F –> *F

H 原子是特例 –> [H]

即使不是 oranic subset

"C"

C –> CH4

[C] –> element carbon(graphite 石墨) 碳元素

注意： "[]"方括号内要具体写出有多少个 H, 不能省略

原子属性 Atom Properties

Co2+ 二价钴 colbalt(II)

[Co+2] 或 [Co++]

注意
  • 与传统书面表示法不同，“+”正号在前，数字在后
  • 可以是连续两个正号

  • "[]" 作用

    • 表示原子特性时，一定要有方括号，（包括手性）

NH4+ –> [NH4+]

  • "[]" 用法

    • 只要其中的原子连接的有 H（一个以上），都要具体写出来
    • H 要放到主原子“后面”： [(MainElement)(H)(charge)(+)]–>[NH4+]

    • 当有 H 时，离子标注： 把数字放前面，“+”号放后面

      • 这点与没有 H 时完全相反
      • eg: Ti4+ –> [Ti+4] or [Ti++++]; H3O+ –> [OH3+]

原子质量， 同位素 13C 碳十三 –> [13C]

  • 13 写到主原子前面
  • [2H]O[2H] –> O(2H)2 重水（连接两个氘的氧）

化学键

单键 –> "-" (a dash)

  • CH3CH2OH –> C-C-O 或 CCO

  • 注意：

    • 单键（“－”）和芳香键（“:”）可以省略

双键 –> "="

eg: CO2 –> O=C=O

三键 –> "#"

eg: HCN –> HC#N

四键 –> "$"

eg: gallium arsenide 砷化镓 GaAs –> [Ga+][As-]

顺反异构 其中的 单键 –> "/" 和 ""

  • 表示方向

无方向键 –> "." (dot)

  • "non-bond", "disconnect", or "zero-order" bond
  • 离子键
  • eg: NaCl –> [Na+].[Cl-]

混合物 非键 –> "." (dot)

  • "." 用于分割混合物的不同组分
  • 用于表示组分
  • eg: H2O, C2H5OH 混合物（酒精）–> CCO.O

分支（有机物的分叉）

括号表示 "()"

  • eg: CHF3 三氟化碳 –> C(F)(F)F 或 FC(F)F
  • 上述例子可知： 除掉主链上的部份，有几个分支用几个括号表示

分支上的分支，用括号嵌套表示

  • eg: CCCC(C(=O)O)CCC

环状结构